Es la isla más grande de un archipiélago de unas cuarenta islas grandes e islotes situados en Breiðafjörður en la parte noroeste de Islandia.2​ Flatey y sus islas circundantes fueron creadas según se cree a partir de un gran glaciar durante la era de hielo. En términos de tamaño, Flatey es de unos 2 kilómetros de largo y de alrededor de 1 kilómetro de ancho, de los cuales la mayoría son tierra plana (de ahí su nombre, que significa "isla plana" en islandés), con apenas algunas colinas.